Chongzuo terletak di barat daya Wilayah Autonomi Zhuang Guangxi. Ia bersempadan dengan Nanning di timur, Baise di utara, Fangchenggang di selatan dan Lạng Sơn, Vietnam di barat. Sungai Zuo atau Kiri dan Sungai You atau Kanan bertembung di Chongzuo dan selepas itu sungai itu menjadi Sungai Yong. Chongzuo bergunung-ganang dan berbukit-bukit dengan banyak formasi karst yang serupa dengan Guilin dan Teluk Ha Long di utara Vietnam. Keluasannya ialah 17,345 km2 (6,697 batu persegi), 7,190 km2 (2,780 batu persegi) daripadanya berhutan.

Iklim Chongzuo adalah subtropika lembap dan dipengaruhi monsun. Purata suhu Januari ialah 13.8 °C (56.8 °F) dan pada bulan Julai ialah 28.1 °C (82.6 °F). Di dalam wilayah, purata tahunan ialah 20.8–22.4 °C (69.4–72.3 °F). Terdapat 330 hari tanpa fros. Kerpasan tahunan adalah antara 1088-1799mm.